Masjid Al Hidayah menjadi host bagi penyelenggaraan Program Santri Mukim Ma’had Al Hidayah. Target program Santri Mukim ini adalah menghasilkan para hafidz-hafidz Quran yang nantinya akan terjun ke dalam masyarakat untuk memperkuat dakwah dan syiar Islam.
Program pendidikan lainnya adalah pelatihan-pelatihan tentang muamalah dan juga pesantren kilat di bulan Ramadhan.
Selain penyelenggaraan Program Santri Mukim, di masa yang akan datang sudah direncanakan Program Pendidikan Anak Usia Dini dan Program Terintegrasi Mahasiswa Santri Al Hidayah. Kedua rencana program ini akan menempati fasilitas bangunan yang rencananya akan diselesaikan pada tahun ini, 2018.